Em 1534, o território baiano foi dividido em três capitânias, sendo uma dessas a Capitânia de Ilhéus, que abrange a Costa do Dendê, onde fica o arquipélago de Tinharé. 

Morro de São Paulo começa a ser citado historicamente no ano de 1535, quando o tenente Francisco Romero, partiu de Lisboa para a Costa do Brasil, ancorando seus navios e desembarcando na Ilha de Tinharé. Aportou na ilha juntamente com alguns barcos e colonos visando estabelecer ali a sede da Capitania. Assim surgiu a primeira povoação européia da Capitânia de Ilheús, uma das primeiras do atual Estado da Bahia e uma das mais antigas de todo o Brasil. Francisco Romero mudou os planos de tornar Morro de São Paulo a sede da Capitania quando percebeu que as terras de Tinharé não eram propícias ao cultivo da cana de açúcar. Francisco Romero rumou a outros destinos e fundou a Vila de São Jorge dos Ilhéus.

Mesmo não tendo sida escolhida como sede da Capitânia, Morro de São Paulo foi a partir de 1535 efetivamente colonizado e sua denominação deve-se pelo fato do desembarque de Francisco Romero com sua frota ter ocorrido justamente no dia de São Paulo, dia 25 de janeiro, data segundo o calendário da Igreja Católica correspondente a conversão de São Paulo. Já a denominação “morro” é explicada pela geografia acidentada da região. Nesta época, estas localidades formavam a Capitânia de Ilhéus e auxiliavam com homens e produtos alimentícios a reação baiana às invasões. Foi dentro deste contexto que surgiu a idéia das autoridades coloniais em construírem uma fortaleza nesta região com o propósito de defender a capital de ataques estrangeiros, então, o Governador Diogo Luis de Oliveira deu início à construção da Fortaleza de Tapirandu, em Morro de São Paulo, em 1630. 

Anos mais tarde, de acordo com registros, Morro de São Paulo abrigava uma guarnição com 51 peças de artilharia, 183 homens e uma muralha de quase mil metros de extensão. Em 1730, a Fortaleza foi ampliada por D. Vasco Fernades César de Menezes, conhecido como Conde de Sabugosa, com o objetivo de tornar a ilha posto fiscal e militar. No início do século 17, o capitão Lucas Saraiva da Fonseca fixou residência em Morro de São Paulo e ao lado ergueu uma capela, pedindo proteção a Nossa Senhora da Luz.

Anthoni Eduardo.